Vào những năm đầu thanh niên, Waitzkin tập trung vào Aikido. Anh nắm giữ vài danh hiệu vô địch quốc gia và vô địch quốc tế năm 2004 tại cuộc thi đấu bộ môn Tai Chi Push Hands.

Waitzkin cũng là đai đen trong bộ môn Jiu Jitsu, đồng sáng lập trang MGInAction.com và Học viện Marcelo Garcia, trường dạy jiu-jitsu tại thành phố New York